Situato lungo il margine est del pianoro, il conventino di San Giovanni, risalente al XIV-XV secolo, appartenne per un certo periodo ai Francescani di Gallarate; persa, in seguito, la sua destinazione religiosa, diviene proprietà privata ed è destinato a usi agricoli, finché, nel corso del XX secolo, è
demanializzato e, dopo un attento recupero, aperto al pubblico nel 2009 come Antiquarium dell’Area archeologica.
Sotto il portico esterno si segnala, in particolare, una monumentale lastra funeraria con decorazione a croce proveniente da una sepoltura presso Santa Maria foris portas. La sala d’ingresso ha, al centro, un accurato plastico ricostruttivo dell’area di Castelseprio-Torba, con l’indicazione del circuito difensivo e dei soli edifici conservati o comunque noti con certezza. Gli apparati didattici sono concepiti per offrire un’introduzione generale alla visita del sito. La stanza successiva, la più vasta dell’edificio, conserva, in fondo, il presbiterio e le volte della chiesa originaria, che per il resto è scomparsa.
Sulla parete di fondo vi è un affresco raffigurante Gesù davanti alla croce, tra la Madonna e San Giovanni, firmato da Francesco da Gattinara, artista attivo nei decenni centrali del XVI secolo. Nelle vele della volta a crociera sono dipinti quattro dottori della Chiesa (Agostino, Girolamo, Ambrogio, Gregorio Magno), mentre nel sottarco, al centro, è il monogramma di Cristo entro un sole, simbolo diffuso dal predicatore francescano Bernardino da Siena. In questa sala, come nelle altre, è esposta una selezione accurata, e volutamente essenziale, di reperti archeologici che testimoniano tutte le fasi insediative dell’area, dalla tarda età del Bronzo sino all’età moderna, secondo un percorso di visita che segue, grosso modo, un ordine cronologico.
Nella seconda sala si conservano reperti sicuramente riferibili a età longobarda (in particolare, quanto resta del ricco corredo funebre di un cavaliere sepolto nella chiesa di San Giovanni), e le copie delle monete d’oro di re Desiderio; nella terza, vi è un’esemplificazione delle attività produttive attestatenell’insediame nto (lavorazione dei metalli e della pietra ollare), mentre nella quarta e ultima sala è una selezione di ceramiche tardomedievali e rinascimentali, riferibili quindi a un periodo successivo alla distruzione del castrum e da collegare alla frequentazione degli edifici religiosi.