L’insediamento fortificato di Castelseprio è racchiuso da un circuito murario, scandito da torri, che circonda l’area pianeggiante su cui sorgeva il centro abitato con i principali monumenti civili e religiosi. Un tratto autonomo delle mura scendeva verso Torba, dove la torre poi inglobata nel monastero costituiva un avamposto fortificato verso il fiume Olona. Tutte le torri, ad eccezione di quella di Torba, e gran parte delle mura sono conservate poco oltre il livello delle fondazioni, anche a causa dell’intenzionale distruzione del 1287. L’odierna entrata al castrum costeggia i piloni dell’antico ponte di accesso, che portava a un avancorpo semicircolare (parzialmente conservato), nel quale si apriva la porta principale, varcata la quale ci si trova di fronte, ora come in passato, al complesso religioso di San Giovanni, collocato in una zona centrale del pianoro.
La basilica di San Giovanni, con l’annesso battistero, forma un complesso al quale appartengono anche una monumentale cisterna (lungo uno dei fianchi della chiesa) e un campanile, di cui resta il basamento, con ampio reimpiego di materiale antico.
Notevoli, nel battistero, le tracce di affreschi parietali e di un pavimento realizzato con piccole lastre marmoree (opus sectile). Il complesso, databile nella sua prima fase al V-VI secolo, continua a essere sede di una collegiata di canonici fino al 1582; inizia poi un progressivo abbandono, che si conclude con la demolizione quasi completa agli inizi dell’Ottocento. A ridosso dell’abside sono visibili grandi lastre, alcune con decorazione a croce, riferibili a sepolture privilegiate. A sud di San Giovanni vi sono i ruderi di San Paolo, una chiesa a pianta centrale, esagonale, già menzionata nel tardo XI secolo; l’interno era a due piani, mentre l’esterno dell’abside presenta tracce della tipica decorazione romanica ad archetti.
A nord e a est di San Giovanni vi sono i resti di due torri romane, forse anteriori al circuito murario, e di alcuni edifici di abitazione e di servizio, usati a lungo anche dopo la distruzione del 1287, forse per ospitare i canonici durante i loro soggiorni.
Tra gli altri edifici civili, oltre ad alcune case, si segnala, in fondo a un ampio prato, la “casa forte”, un monumentale edificio forse sede del potere politico. Gli ampi spazi vuoti all’interno del circuito murario, e i pochi resti visibili di abitazioni, non devono trarre in inganno: prima della distruzione, oltre agli edifici religiosi e civili parzialmente conservatisi, l’area doveva essere densamente abitata.