Alla fine del VI secolo, sulla scena sociale e politica dell’Italia meridionale fecero la loro comparsa i Longobardi, che dopo aver fondato con il duca Zottone nel 572 il ducato di Benevento, cercarono a più riprese sbocchi sul Tirreno e sull’Adriatico.
In questo moto espansionistico essi si spinsero più volte sino a Siponto, allora sotto il dominio bizantino, nella cui diocesi insisteva il santuario micaelico che attirò subito la loro attenzione. I Longobardi, infatti, dovevano sentirsi particolarmente attratti da Michele, nel quale trovavano attributi e caratteristiche del pagano Wodan, considerato dai popoli germanici dio supremo, dio della guerra, psicopompo, protettore di eroi e guerrieri. Le mire espansionistiche longobarde preoccuparono i Bizantini che, stando al racconto di Paolo Diacono in Historia Langobardorum, attaccarono verso il 650 il santuario ma furono gravemente sconfitti dal longobardo Grimoaldo I, duca di Benevento (647-671), accorso prontamente sul Gargano.
Questo episodio influì profondamente sulla storia dei rapporti tra Longobardi e culto micaelico. Quando infatti nel IX secolo, accanto alla data tradizionale del 29 settembre, cominciò a comparire l’8 maggio come dies festus della dedicazione della chiesa micaelica sul Gargano, la storiografia longobarda fece risalire proprio a quel giorno l’apparizione di Michele e la vittoria di Grimoaldo sui Bizantini, contribuendo così a creare una tradizione che si è perpetuata ininterrottamente nei secoli.
Dopo il 650 la regione garganica fu di fatto assorbita nel Ducato di Benevento e rimase politicamente sottomessa prima ai duchi e poi ai principi fino alla fine del IX secolo. Il territorio della diocesi sipontina, inoltre, fu posto sotto la giurisdizione del vescovo di Benevento Barbato, e il santuario garganico cominciò ad essere considerato santuario nazionale dei Longobardi e l’Arcangelo loro protettore.
Il connubio con il popolo longobardo mutò in parte i caratteri del culto micaelico che, all’arrivo sul Gargano, era un culto principalmente iatrico.
I Longobardi, infatti, popolo di guerrieri per eccellenza, contribuirono a far recuperare al santo l’altra dimensione, quella che, richiamando il suo ruolo di capo delle milizie celesti, ne faceva un guerriero, patrono dei combattenti.